小球藻的成分之一CGF（小球藻生长因子），可以诱发干扰素，激发人体防御组织和免疫组织之中的巨噬细胞。
微藻类含有多种活性物质，目前的研发工作主要集中在PUFA（多不饱和脂肪酸）类，多糖类，色素类等。华东理工大学就在利用异样型微藻生产DHA方面做得很突出。我国目前有关的专利如【00117546.7】微藻保健食品及其制备方法，主要包含微藻食品的生产和加工。
小球藻其中的活性物质在医学领域的作用很大。如PUFA特别是其中的EPA（二十碳五烯酸）和DHA（二十二碳六烯酸）对防治心脏疾病、动脉硬化、癌症、风湿关节炎、哮喘和糖尿病等人类疾病有明显效果。海洋微藻具有合成EDA和DHA的能力，并且相对于鱼油来说含量高，而且没有鱼腥味，又能避免了摄入过多胆固醇的因素。制作成可食用的过程中不易氧化，是很好的保健食品。
微藻中含有多种多糖物质，能增强人体和动物体的细胞免疫和体液免疫功能。研究表明，螺旋藻多糖能显著增强辐射引起的DNA损伤的切除、修复作用和程序外DNA合成，还具有一定的抗突变功能 ，小球藻多糖对腹水肝癌AH44，AH41c，白血病L一120，艾氏腹水癌，MethA肿瘤均显示了抗肿瘤活性 。
β一胡萝卜素是V a的前体物质，具有防癌、抗癌、增强人体免疫功能和延缓衰老的作用。目前，市场上的β一胡萝卜素大多为化学合成产品。随着毒理学和分析技术的不断发展，人们发现，尽管化学合成β一胡萝卜素的纯度较高、生产成本低，但合成技术复杂，合成产品中含有少量有毒成分，对染色体有畸变作用。生产β一胡萝卜素的微藻主要是盐生杜氏藻(Dunaliella salina)，它可大量积累β一胡萝卜素，最高可达10％ ，远远高于其他动物和植物体内的含量。
虾青素【注解3】是一种氧化型的类胡萝卜素，较一般类胡萝卜素抗氧化性更强，具有增强机体免疫力、预防癌症等功能。雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)细胞内虾青素的含量很高，超过细胞干重的4％ ，是目前发现的虾青素含量最高的生物，被认为是一种最有开发前景的绿藻。另外发现其他个别类型的绿藻也能积累虾青素，可以为人们所用。